¿Qué impuestos pagan las farmacias en México y cómo cumplir con ellos sin errores?

¿Qué impuestos pagan las farmacias en México y cómo cumplir con ellos sin errores?

Bienvenido al blog de Grupo Altea, donde transformamos los números en decisiones inteligentes. De los negocios más importantes que existen en México, las farmacias ocupan un lugar especial. Aunque hoy estamos tan acostumbrados a tener una farmacia a la vuelta de la esquina, pocas veces pensamos en lo mucho que dependen nuestras comunidades de ellas. Son negocios que, más que vender medicamentos, salvan días, alivian dolores y hasta salvan vidas. En cierto modo, podríamos considerarlas verdaderos héroes silenciosos de nuestro día a día.

Pero incluso los héroes tienen que enfrentarse a sus propios desafíos… y en este caso, el SAT no perdona. Las farmacias, como cualquier otro negocio, deben cumplir con obligaciones fiscales específicas, declarar impuestos y elegir correctamente su régimen fiscal para operar legalmente y evitar sanciones.

Por eso, después de todo lo que ellas hacen por nosotros, hoy nos toca ayudarlas a ellas. En esta guía te explicaremos qué impuestos pagan las farmacias, qué opciones de régimen fiscal tienen, y cómo funciona el IVA dentro del giro farmacéutico, para que puedas tener todo en orden y tomar mejores decisiones financieras.

¿En que régimen fiscal se debe registrar una farmacias?

Un régimen fiscal es el conjunto de reglas que determinan cómo y cuánto debe pagar de impuestos un negocio ante el SAT, dependiendo de su tipo de actividad, tamaño y forma legal. Elegir el régimen correcto es esencial para evitar sanciones y optimizar tus obligaciones fiscales.

En Grupo Altea, recomendamos a las farmacias evaluar las siguientes tres opciones de régimen fiscal, según su tamaño y forma de operar:

1. Régimen General de Personas Morales

Este régimen está diseñado para empresas legalmente constituidas ante el SAT, como sociedades anónimas o de responsabilidad limitada. Se dirige principalmente a negocios que cuentan con una estructura formal, empleados, inventarios considerables y operaciones más amplias.

Ideal para: Farmacias medianas o grandes con varios empleados, múltiples sucursales o que operan como sociedad.

Ejemplo: Héctor y Juan Carlos constituyeron una sociedad para formalizar su cadena de farmacias. Ambos tienen derechos y obligaciones sobre las ganancias y decidieron operar bajo este régimen para poder abrir más sucursales y mantener una estructura contable sólida.

2. Personas Físicas con Actividad Empresarial

Este régimen está pensado para personas que trabajan por cuenta propia, sin necesidad de constituir una sociedad. El negocio opera a nombre del propietario, quien declara sus ingresos, deduce sus gastos y paga impuestos directamente ante el SAT. Es una opción flexible que permite deducir gastos como renta del local, servicios, sueldos y compras de medicamentos.

Ideal para: Farmacias pequeñas o familiares donde el propietario administra directamente el negocio.

Ejemplo: María opera su farmacia a su nombre. Ella compra medicamentos, paga a dos empleados y lleva su contabilidad con ayuda de un contador. Al tributar como persona física, puede deducir los gastos de operación y optimizar su carga fiscal.

3. Régimen Simplificado de Confianza (RESICO)

Pensado para simplificar el cumplimiento fiscal de negocios con ingresos menores a 3.5 millones de pesos anuales (en personas físicas). Ofrece tasas reducidas de ISR y trámites más ágiles ante el SAT.

Ideal para: Farmacias nuevas, con ventas moderadas o en crecimiento, que buscan pagar menos impuestos y mantener procesos sencillos.

Ejemplo: Sofía abrió su farmacia hace un año y apenas está consolidando su clientela. Al optar por RESICO, paga un ISR reducido y no necesita una contabilidad tan compleja, lo que le permite enfocarse en hacer crecer su negocio.

¿Qué impuestos pagan las farmacias?

Aunque cada régimen fiscal está diseñado para un tipo distinto de farmacia, todos comparten ciertas obligaciones fiscales e impuestos ante el SAT. La diferencia radica principalmente en cómo los calculan o declaran, y en algunos casos, en obligaciones adicionales según su régimen.

A continuación, te explicamos las obligaciones fiscales e impuestos comunes que toda farmacia debe cumplir:

Obligaciones e impuestos comunes para todas las farmacias

• RFC (Registro Federal de Contribuyentes): Es el número único que identifica a cada contribuyente ante el SAT. Toda farmacia, sin importar su tamaño o régimen, debe contar con su RFC para emitir facturas, declarar impuestos y operar legalmente.

• e.firma: Es una firma electrónica que tiene la misma validez que una firma autógrafa. Se utiliza para realizar trámites fiscales, presentar declaraciones y emitir comprobantes digitales.

• Expedir facturas (CFDI): Cada vez que una farmacia realiza una venta o presta un servicio, debe emitir un Comprobante Fiscal Digital por Internet (CFDI), ya sea al público en general o a clientes que lo soliciten.

• Declaraciones mensuales (ISR e IVA): Las farmacias deben presentar mensualmente su declaración de Impuesto Sobre la Renta (ISR) —que grava las utilidades— y de Impuesto al Valor Agregado (IVA) —que grava el consumo— más adelante explicaremos como funciona el IVA en una farmacia.

• Declaración anual (ISR): Se presenta una vez al año para informar al SAT sobre los ingresos, deducciones y utilidades del ejercicio fiscal. Las personas morales y las personas físicas con actividad empresarial bajo pagos provisionales están obligadas a presentarla.

• DIOT (Declaración Informativa de Operaciones con Terceros): Es una obligación informativa donde se reportan las compras y gastos con proveedores, así como el IVA pagado y acreditable. Aunque muchas farmacias la presentan de manera mensual, depende del régimen y nivel de ingresos.

Otras obligaciones fiscales según el régimen fiscal

Régimen General de Personas Morales

• Tasa ISR: 30%

• Permite aplicar deducciones.

• Retenciones de ISR e IVA por honorarios: Deben retener y enterar al SAT los impuestos correspondientes cuando pagan honorarios a profesionales independientes.

• Contabilidad electrónica: Están obligadas a llevar su contabilidad de forma digital y enviarla al SAT periódicamente.

• DIOT (si superan los 4 millones de ingresos anuales): En caso de superar ese monto, la presentación de la DIOT se vuelve obligatoria.

Personas Físicas con Actividad Empresarial

• Tasa ISR: 1.92% a 35%

• Permite aplicar deducciones.

• Contabilidad electrónica: Deben llevar registro digital de sus ingresos, gastos y facturas.

• DIOT (si superan los 4 millones de ingresos anuales): Solo es obligatoria si se rebasan los 4 millones en ingresos anuales.

• Posibilidad de aplicar deducciones personales en la declaración anual: A diferencia de las personas morales, pueden deducir gastos médicos, hospitalarios, escolares, entre otros, en su declaración anual.

Régimen Simplificado de Confianza (RESICO)

• Tasa ISR: 1% a 2.5% sobre las ventas efectivamente cobradas.

• No presentarán declaración anual a partir de 2026: Con la reforma proyectada, las personas físicas bajo RESICO dejarán de presentar declaración anual, ya que el SAT calculará automáticamente el ISR con base en la información de sus facturas.

En resumen, aunque los impuestos básicos (ISR e IVA) son los mismos para todas las farmacias, las formas de cumplir con ellos y las obligaciones adicionales varían según el régimen. Por eso, es fundamental elegir correctamente bajo qué esquema tributar y contar con asesoría contable que te ayude a mantener tus obligaciones al día.

¿Que IVA se aplica en las farmacias?

De acuerdo con el artículo 2-A, fracción I, inciso b) de la Ley del Impuesto al Valor Agregado (LIVA), los medicamentos de patente están sujetos a una tasa de IVA del 0%.

Un medicamento de patente se refiere a aquellos productos farmacéuticos que cuentan con registro sanitario otorgado por la autoridad competente, es decir, la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (COFEPRIS). Este registro garantiza que el medicamento cumple con las normas de calidad, seguridad y eficacia establecidas para su fabricación y comercialización. Por lo tanto, todos los medicamentos que cuenten con este registro sanitario son considerados de patente y aplican la tasa del 0% de IVA.

En cambio, los productos conocidos como “productos milagro”, que se promocionan como suplementos o remedios naturales pero no cuentan con registro sanitario, no deben considerarse medicamentos de patente. Por ello, su venta debe gravarse con la tasa general del 16% de IVA.

Además, es importante tener en cuenta que la mayoría de farmacias venden una amplia gama de productos, como cosméticos, vitaminas, artículos de higiene personal o alimentos procesados, que sí están sujetos a la tasa general del 16%. Por lo tanto, aunque una farmacia no deba pagar IVA por la venta de medicamentos de patente, sí deberá pagar IVA por la venta de los demás productos e insumos que comercialice en su establecimiento.

Por esta razón, es fundamental que las farmacias lleven un registro contable independiente de las ventas realizadas con tasa 0% (como medicamentos de patente) y las ventas con tasa del 16% (como productos generales). Esta separación no solo es obligatoria para presentar correctamente las declaraciones de IVA, sino también para solicitar devoluciones o acreditamientos de IVA ante el SAT de forma precisa y conforme a la ley.

Sabemos que todo esto puede sonar confuso: distintos regímenes, tasas, obligaciones y cálculos de impuestos que parecen cambiar con cada detalle. Pero justo ahí es donde entra la importancia de contar con un contador profesional. Un experto no solo te ayuda a mantener tus obligaciones en orden, sino que también te guía para aprovechar los beneficios fiscales que mejor se adapten a tu farmacia.

En Grupo Altea entendemos lo complejo que puede ser cumplir con el SAT y queremos facilitarte el camino. Si quieres recibir una asesoría personalizada o cotizar nuestros servicios contables, da clic en el botón y con gusto te ayudaremos a poner en orden tus finanzas para que tú puedas concentrarte en lo más importante: cuidar la salud de tus clientes.

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FAQs:

1. ¿Qué impuestos deben pagar las farmacias en México?

Las farmacias deben pagar principalmente el Impuesto Sobre la Renta (ISR) y el Impuesto al Valor Agregado (IVA), además de cumplir con obligaciones como facturación, declaraciones mensuales, anuales y la DIOT, según su régimen fiscal.

2. ¿En qué régimen fiscal debe registrarse una farmacia ante el SAT?

Depende de su tamaño y estructura. Puede registrarse como Persona Moral, Persona Física con Actividad Empresarial o en el Régimen Simplificado de Confianza (RESICO), según sus ingresos y nivel de formalidad.

3. ¿Qué tasa de IVA se aplica a los medicamentos vendidos en farmacias?

Los medicamentos de patente registrados ante COFEPRIS tienen una tasa de IVA del 0%, mientras que los productos no considerados medicamentos, como cosméticos o suplementos, pagan la tasa general del 16%.

4. ¿Qué es un medicamento de patente según el SAT?

Son productos farmacéuticos con registro sanitario emitido por COFEPRIS. Este registro garantiza su calidad, seguridad y eficacia. Solo los medicamentos con este registro aplican la tasa del 0% de IVA.

5. ¿Qué productos de una farmacia sí pagan IVA del 16%?

Artículos como cosméticos, vitaminas, alimentos procesados, suplementos o productos de higiene personal pagan la tasa general del 16% de IVA, ya que no son considerados medicamentos de patente.

6. ¿Por qué es importante separar las ventas con tasa 0% y 16% en una farmacia?

Porque en las declaraciones de IVA deben reportarse por separado. Además, esta separación permite calcular correctamente acreditamientos o devoluciones de IVA ante el SAT.

7. ¿Por qué una farmacia debería contar con un contador profesional?

Porque los regímenes fiscales y las obligaciones del SAT pueden ser complejas. Un contador asegura el cumplimiento correcto, evita sanciones y optimiza los impuestos de tu farmacia conforme a la ley.